SBY memimpin pasukan perdamaian PBB yang terdiri dari 650 perwira dari 29 negara. Beliau bertugas mengawasi gencatan senjata di daerah bekas negara Yugoslavia berdasarkan kesepakatan Dayton, AS, yaitu antara Serbia, Kroasia dan Bosnia Herzegovina. Penugasan SBY di misi ini menjadi tonggak awal hubungan baiknya dengan Kofi Annan, yang kemudian dilantik menjadi Sekretaris Jenderal PBB.
